수천 년 전, 수몰한 아틀라스 대륙에 영광이 넘쳤던 초고대 문명이 있었다. 하늘에서 내려왔다고 '유익인' 이라 불리는 왕족에 통치 아래 인간과 아인들이 살던 주변 대륙에 문명을 초래하였다. 하지만 원인불명의 재앙으로 인하여 아틀라스 대륙은 붕괴되었다. 일부 주민은 주변 대륙으로 도망쳤지만 문명의 핵심을 담당하던 유익인들은 어딘가로 사라져버렸다.

해저에서 거대한 건축물이 솟아올랐다. 칠흑 같은 '결정' 에 의해 만들어진 고층 건물의 형태로 표면은 칠흑빛이 났으며 영력을 증폭시킬 문양이 새겨져있었다. 상자는 이스를 파멸시킬 '흑진주' 의 원형으로, 수천 년간 카난의 소용돌이를 발생시킨 원흉이기도 했다. 깨어난 후 맹목적으로 '엘딘 문명의 재흥' 이라는 태고의 명령을 실현시키기 위해 주변 대륙을 바다에 가라앉히려 한다.

카난의 소용돌이 중심에 있는 크고 작은 3개의 섬. 원주민 아인 (사람과 다른 신체 특징을 지닌 종족)과 소용돌이에 삼켜진 줄 알았지만 운 좋게 살아남은 인간들이 살아가고 있다. 태고의 결정 '에메라스' 의 파편이 각지에서 발견되었지만, 봉인된 악의 생물이라 불리는 '재난의 상자' 전설이 전해 내려오고 있었다.

본작의 이스는 '절해의 외딴섬' 이 무대가 된다. 서쪽을 향하는 배를 모조리 삼키는 '소용돌이' 의 비밀. 난폭한 자들의 해적선과 위엄을 자랑하는 로문 함대의 격렬한 전투. 소용돌이의 한가운데 분포된 숲과 유적이 있는 외딴섬, 그리고 그곳에 살고 있는 신비한 주민들. 대해의 저편에서 사라졌던 유익인의 전설과 그 거대한 유산... 바다만의 매력이 가득한 이스를 만들어 가고 있다.

카난의 소용돌이 중심에 있는 크고 작은 3개의 섬. 원주민 아인 (사람과 다른 신체 특징을 지닌 종족)과 소용돌이에 삼켜진 줄 알았지만 운 좋게 살아남은 인간들이 살아가고 있다. 태고의 결정 '에메라스' 의 파편이 각지에서 발견되었지만, 봉인된 악의 생물이라 불리는 '재난의 상자' 전설이 전해 내려오고 있었다.